2022年5月6日，某博主发布爆料视频称暗访了两家百果园门店，发现有门店工作人员把变质水果做成果切；对发霉的苹果也不理不问继续售卖；此外还存在小凤梨当大凤梨售卖，存在鱼目混珠，欺骗顾客的行为。

2022年5月7日凌晨，百果园官方微博发布致歉声明。经查涉事门店为百果园成都两门店，存在将水果违规分级、售卖隔夜果切水果、故意躲避总部检查相关问题。为杜绝类似行为再次发生，正在进行整改措施。百果园表示，涉事门店已按要求停业整顿，并责令加盟商对涉事门店员工进行停职再教育。

2023年6月，抖音上有博主发布视频吐槽称，自己在百果园使用团购券购买西瓜，却遭遇了区别对待，被店员指责“贪便宜”。对此，百果园官方最新发布声明称，称该博主的反馈为误解，并称无法就该事件与博主进行对话与处理。百果园副总裁焦岳亦发声称，“对于恶意中伤我们的加盟商和品牌且肆意编造故事的行为，我们坚决用法律武器捍卫权利！”

2023年11月30日，国家企业信用信息公示系统网站显示，百果园集团（02411.HK）因未按规定期限公示2022年年度报告，被深圳市市场监督管理局盐田局列入经营异常名录。

2023年12月6日，百果园向界面新闻回复，深圳百果园实业（集团）股份有限公司未存在“未按规定期限公示年度报告”的问题，公司一直按照规定期限内报送年度报告，公司经营一切正常。此前由于系统问题导致年度报告信息更新出现延迟，现已向主管部门澄清。

2024年3月，湖北经视播出的特别节目《315我们在行动》曝光了百果园食品安全问题频出，消费者投诉不断的问题。节目显示，应聘入职百果园武汉银海雅苑店，无健康证也可上岗。在工作区域的双开门小型冰箱中，摆放着不新鲜、有伤口、腐烂的水果。店内没有顾客时，一名店员拿出了3个表面小部分腐烂的苹果，进行处理，随后拿出果切拼盘盒，将切好的苹果摆入拼盘。在该门店中，只要有问题水果，店员总是会想办法将其做成高端水果拼盘，烂果“化腐朽为神奇”变成高端果切。此外，店员还会把隔夜水果头天存冰箱，第二天当鲜果卖。在售卖车厘子时，存在以次充好，高价售卖的问题。虽然不定期会有专门督查进行巡店检查，但落到执行层面，更多的也只是模棱两可，睁一只眼闭一只眼。

2024年3月16日，百果园发布关于百果园武汉市银海雅苑店事件处理声明称，近日，有媒体发布视频曝光百果园武汉市银海雅苑店相关问题，公司对此高度重视，对于视频中所反映的情况，已第一时间核实查证，并对该涉事加盟店进行停业整顿、全面彻查的处理。声明中提及，整改期间门店员工工资将由百果园总公司承担。对于涉事责任人，将根据百果园相关管理制度给予相应处理，同时对相关管理层进行问责。