2001年，百果园公司在深圳诞生。

2002年，首家门店“深圳福华店”正式开门营业。

2008年，百果园上线“网上百果园”，拓展网络销售渠道；

2009年，百果园率先 提出“不好吃三无退货”服务标准。 即消费者如果对水果口感或品质不满意，可无小票、无实物、无理由退货。

2012年，百果园公司成立十周年，全国门店达300家。

2013年 ，百果园全球首创“四度一味一安全”水果质量分级体系 。

2014年，百果互动科技成立。

2015年，百果园全国连锁门店数量突破1000家。

2015年9月，百果园完成4亿元A轮融资，创下水果行业史上最大A轮融资。

2016年，战略合并生鲜O2O平台一米鲜，开启生鲜电商业态。

2017年，百果园发起成立优果联 。同年，百果园战略合并北京果多美，开启“双渠道品牌”运营。

2017年5月，百果园荣获“中国驰名商标”称号。

2018年，百果园引入BLOF种植技术体系 。同年，百果园和中国扶贫志愿服务促进会达成全面战略合作 ，正式启动“百果百县”战略 。

2018年9月28日，百果园与湖南麻阳县人民政府签署扶贫战略合作，从源头推动国家级贫困县果业产业升级。

2019年，百果园提出“大生鲜 ”战略，将业务品类从水果扩张至全部的生鲜。

2019年4月， 百果园公布品类合伙人计划，正式发布大生鲜战略。

2019年5月，践行10年“三无退货”的百果园举行“十年数据说可信中国人”发布会。

2020年，百果园控股子公司百果种业 成立。

2020年8月，百果园进驻长沙，实现华中、华东区域全覆盖。

2020年10月，百果园为“爱•生命—慧和天语（童心港湾）公益艺术展”作捐赠。

2021年，百果园公司成立20周年，门店数突破5000家。

2021年，由农业农村部、发改委、商务部、中国人民银行、国家税务总局、中国证监会及中华全国供销合作总社联合授予百果园“农业产业化国家重点龙头企业”称号。

2022年5月2日，港交所挂出了百果园的招股说明书， 摩根士丹利为独家保荐人。根据弗若斯特沙利文，按2021年水果零售额计，百果园在中国所有销售水果的零售企业中位列第一，亦在中国所有水果专营店及连锁店中位列第一，规模是第二名的2.8倍。百果园拥有中国水果行业最大的分销网络。

2022年10月28日，中国证监会公布《关于核准深圳百果园实业(集团)股份有限公司首次公开发行境外上市外资股及境内未上市股份到境外上市的批复》的结果，意味着百果园获得赴港上市的“大路条”。

2022年11月16日，港交所文件显示，深圳百果园实业(集团)股份有限公司再次递交港股上市申请。 12月20日，深圳百果园实业股份有限公司提交港交所上市IPO聆讯后材料。

2023年6月3月，百果园公布上市以来的首份年报显示，2022年百果园总营收为113.12亿元，同比增长9.94%，归母净利润为3.23亿，同比增长40.35%。零售门店总数由2021年底的5249家增至5650家，加盟店数量也从2021年底的4254店增至4577家。

2023年，百果园集团在香港主板上市，成为中国水果连锁零售第一股 ，门店数量突破6000家 。同年，控股般果公司，全面布局2B业务。