由于方舟子以自己创办的新语丝为基地、利用互联网来进行打假，他被媒体称为“科学斗士”或“打假斗士”。

学术、身份打假及批评

方舟子打假、批评的对象往往直指中国国家研究部门和高校的著名教授和研究员、行政领导，以及社会各界知名人士等。

打假

受到方舟子质疑造假的公众人物包括：

• 企业界人士唐骏
• IT人李开复。
• 作家韩寒：方舟子认为韩寒的作品是别人代写的，并且韩寒在身高上造假，使用了增高鞋和假发。
• 节目主持人乐嘉：方舟子称乐嘉的“性格色彩学”剽窃了美国人Talor Hartman的“性格密码”学说，而且乐嘉的母校阿姆斯壮大学是野鸡学校。
• “中国雨人”周玮：方舟子认为擅长速算的智障青年周玮是骗子，其速算答案是背的。2014年1月，周玮经过上海交通大学、华东师范大学专家的测试，声称证实了其心算能力的确远超常人，且并非死记硬背。
• 学者于建嵘：2005年10月8日，新语丝网站当日的“新到资料”头条发表了一篇署名“严晋”的文章，对于建嵘提出五点质疑。次日，新语丝刊登了于建嵘的答复文章，回应了五点质疑。该文被放在“新到资料”的第七条，加上了方舟子的按语。
• 原清华大学医学院教授刘辉：方舟子认为刘辉利用其姓名缩写“Liu H”同一位名为“刘宏（Liu H）”两者姓名缩写一致的巧合，将刘宏的论文记入自己名下，通过诈骗的手段获得清华大学医学院院长助理的职位。
• “基因皇后”陈晓宁：方舟子称陈晓宁只是一家私营机构的技术人员，虽然兼任加州大学（UCLA）医学院的“附属副教授（Adjunct Associate Professor）”，但这些都是挂名的职务，既不是“博士”，也不是“加州大学教授”。
• 南京大学朱涵：2004年3月初，媒体报道称，南京大学物理系本科生朱涵发表了10篇学术论文，其中有8篇论文是发表在SCI上。方舟子认为：朱涵的论文通讯作者是其父北京师范大学物理系教授朱建阳，因此朱涵是“沾老爹的光，老爹发表论文时把儿子的名字顺便也写上”。“中国科技界子承父业的多得是，但是像朱氏父子这样从儿子还是个本科生时就肆无忌惮地加以提携的，还是闻所未闻的”
• 中国科学院院士魏于全、杨焕明、郭光灿、加拿大国家航天局科学家刘维宁
• 南京大学院士候选人陈坤基：2007年6月16日新语丝刊出了若智的《南京大学：这难道还不算一稿多投？》一文，称南京大学固体微结构物理国家重点实验室K. J. Chen（陈坤基）等发表于国际著名学术期刊Physical Review Letters和Advanced Materials上的两篇论文为典型蓄意一稿两投。
• “美国总统奖”获得者叶菲：方舟子指出叶菲在出版的书中夸大其求学经历，称其获得的“美国总统奖”并非由美国总统亲自颁发的每个州只有一个名额的奖励，而是每年颁发给几十万学生的“总统教育奖”，其含金量仅相当于中国的“三好学生”。
• 中国科学院院士潘建伟：方舟子指潘建伟夸大其在国外的学术成就。
• 军事医学科学院研究员裴雪涛：方舟子称其“发无厘头的感慨”，呼吁国家停止资助其研究项目。并且认为其在国际期刊上仅仅发表了6篇论文，“在国内也是拿不出手的”。
• 河北科技大学副教授韩春雨：2016年，方舟子多次撰文指出韩春雨的基因编辑技术“NgAgo”的论文涉嫌造假，并于2016年9月9日向国家自然科学基金委员会正式举报韩春雨，要求对韩春雨进行深入调查。
• 上海复旦大学附属华山医院感染科主任、党支部书记张文宏：2021年8月，方舟子举报张文宏的博士论文涉嫌抄袭他人。

批评对象

被方舟子批评的人物包括：

• 法律学者贺卫方：方舟子称贺卫方“一稿多投”，认为贺卫方是“法学界的水货”、“尸位素餐”。
• 呼吸道疾病专家钟南山：方舟子称其与药厂合作卖假药，并指责钟南山夸大雾霾和家居装修的危害性。
• 科学家钱学森：2009年11月4日，钱逝世4天后，方舟子发表了《〈人民科学家钱学森〉若干可商榷之处》一文，批评钱在大跃进期间为粮食亩产万斤提供“科学”证明，及为研究“人体特异功能”运动发挥领导和指导作用。
• 杂交水稻之父袁隆平：因袁隆平对转基因大米的安全性有疑虑，方舟子对其提出批评，称“袁隆平本人也在搞转基因大米但还没做出来”，并质疑袁的科学素养。
• 调查记者柴静：方舟子批评柴静既然作为“调查型记者”，就要“对事实的真相要有洁癖，不要轻信、传播当事人的自吹自擂、神吹胡侃和道听途说”。罗永浩因此事与方舟子交恶，方舟子讥其为“罗三桂”。
• 作家木子美（在新浪微博名为“不加V”）：方舟子称其为“三脏女”。
• 作家李承鹏：方舟子指责平时大喊打倒房地产商的李承鹏，其实私下与房地产商过从甚密，并表示李承鹏为房地产商“写软文”，涉嫌虚假宣传。同时方舟子承认攻击李承鹏是因为后者帮孙海峰说话。
• 歌手王菲、海派清口表演家周立波、艺人林志颖
• 企业家罗永浩：方舟子称罗永浩是流氓，是其见过最恶心的人。方舟子亦称罗永浩“非法办学，没有办学资质，还涉嫌偷税漏税，做虚假广告”。从2011年底开始，方与罗在新浪微博上进行了旷日持久的争执。
• 奇虎360董事长周鸿祎
• 央视主持人崔永元、央视调查记者王志安
• 央视主持人白岩松：方舟子讥其为“白拓宽”（但方舟子否认曾如此称呼白，说这是其他人叫出来的，他只是在微博上回复那些言论时自动引用）。
• 网络作家周小平：方舟子称从未听说过周小平这“网络作家代表”，引用清华大学教授肖鹰的说话称其为“流氓文化代表”。方舟子说，周小平所写的《梦碎美利坚》一文属于胡思乱想捏造，是在“梦游美利坚”。
• 生物学教授饶毅：方舟子质疑其论文造假
• 诺贝尔生理学或医学奖获奖者屠呦呦：方舟子称其“夸大自己的成就”，在成果发表过程中存在拔高自己、贬低他人、忽略别人贡献的缺点，并表示“青蒿素不是中药”

被方舟子质疑或批评的机构包括：

• 南方周末：方舟子认为其在报道自己与于建嵘的争执时不公，已“堕落了”。2012年6月南方周末头版和四个版面发表对方舟子的报导，方舟子称其是“构陷”，认为南方周末已“沦落为泄私愤的构陷私器，连最基本的新闻道德和做人道德都不顾。”2013年初南周事件时，方舟子抨击南周为“撒娇”、“戏子作秀”。
• 人民网、人民日报（含海外版）、环球时报、新华网、光明网等多家中国大陆官方媒体：由于这些媒体在方舟子评周小平文章遭封杀后发表评论员文章为周小平辩护，方舟子称这些媒体发表的这些文章“都是统一部署的结果”，并戏称为“黑色幽默”、“最高级别的黑”，称他们“把一个不学无术的‘网络作家’吹捧成‘网络世界的敲钟人’、‘这一代’的代表，把他那些东抄西凑、信口开河、错误百出的博客吹捧成‘网络正能量’、‘爱国正能量’。”
• 纽约时报
• BBC中文网
• 汉芯

食品与医疗

• 方舟子批判中医、中药等的大量文章也产生了比较大的社会影响。方舟子在新语丝上设立“中医骗子”专辑，认为中医和中药没有经过现代科学的检验，中医基于阴阳五行的理论没有实际依据，而中药的疗效也没有被严格的双盲法证明，认为应该“废医验药”。另有专著《批评中医》。
• 2015年1月，歌手姚贝娜因乳腺癌去世。方舟子提出“姚贝娜是给中医害了”，他指出：姚贝娜早期病情发作时因为吃中药“调理”后病情反而加重，接受规范治疗，症状得以改善，虽然乳腺癌治愈率可达到90%以上，而且她的病情属于预后良好的类型（雌激素受体阳性），可以通过内分泌治疗降低体内雌激素含量减轻病情以致治愈，但是有可能会发生绝经期症状，姚贝娜遂拒绝接受这一治疗并再次服用中药，由于中药的药方中有些药物（如当归）具有雌激素活性，会加重病情，致使两年后疾病复发、扩散而逝世。
• 2015年10月，中国药物化学家屠呦呦因在研制青蒿素等抗疟药方面的贡献被授予诺贝尔医学奖。由于屠呦呦声称其发现青蒿素治疗疟疾是受到传统中医典籍《肘后备急方》启发而来，遭到反对中医的方舟子的批评，并指屠呦呦在学术道德方面存在瑕疵。
• 虽然主张“废医验药”，但方舟子赞成将中医作为文化加以整理、研究。
• 方舟子批判虚假保健品。包括以褪黑激素为主要成分的“脑白金”以及核酸营养品“珍奥核酸”都被揭露为虚假宣传。2007年到2009年期间，方舟子揭露蒙牛乳业产品“特仑苏”牛奶声称添加的名为“OMP（造骨牛奶蛋白）”的物质就是IGF-1（胰岛素样生长因子-1），正常情况下口服无作用，而如果血液中IGF-1浓度过高则有增加患癌症的风险。在这个事件中，声援方舟子的广东奶业协会在其主办的南方奶业网上刊登了有关信息。
• 方舟子在转基因食品方面持支持态度，他表示：“众多国外权威机构，包括世界卫生组织、联合国粮农组织、欧盟委员会、美国科学院、美国食品药品管理局、英国皇家医学会都指出，转基因食品的安全风险并不比其他食品更高，反而可能更低。”
• 方舟子对于瘦肉精持解禁态度。2011年4月1日，他在新华每日电讯上发表署名文章，批评媒体过度“妖魔化”瘦肉精（莱克多巴胺）的现象。在文中，他表示由于养猪业有提高猪肉瘦肉率的需求，杜绝“瘦肉精”的使用非常困难。如果一概禁用，那么养猪户在选择时就宁愿选用价格最低廉、但是毒性也最强的盐酸克伦特罗，而如果政府允许使用安全且副作用很低的莱克多巴胺，那么很多农户就不会冒违法的风险了。目前有二十多个国家允许使用莱克多巴胺，但中国却禁用。
• 2019冠状病毒病疫情期间，方舟子认为选一名政客当世卫组织总干事，必然会让它从专业组织变成政治组织，因为政客眼里只有利益，没有原则。方舟子反对封城，也反对民众普遍佩戴口罩，甚至建议美国政府没收华人超市贩售的口罩。

宗教批判

方舟子对宗教持批判态度。在新语丝，方舟子作为无神论者多次批评基督教。他揭露重庆道士李一与唯一教、奥修静修会的邪教性质，及质疑李一动辄半年的辟谷、长达两小时的胎息等非常传奇的个人经历。2011年2月5日，方舟子与歌手王菲在网络上展开了一场对“一尊佛像”的见解，方舟子认为公众人物的宗教信仰宣传会误导大众。但方舟子也主张宗教信徒应享有信仰自由的权利。

“打假资金”

2006年11月，何祚庥、郭正谊、司马南、袁钟成立了“科技打假基金筹备组”，由方舟子律师彭剑任秘书，面向社会募集捐款，用来资助方舟子打假（即“打假基金”），并申明将公开帐目、接受监督。此外，2010年方舟子遇袭后，彭剑又以个人名义向社会募集“安保资金”，用于保障方舟子的人身安全。同时成立监管小组，向小组公开帐目并接受监督。这两项基金未向社会公布过其基金使用明细。在2013年与崔永元有关转基因食品的争论中，这一点亦遭崔永元及其支持者的质疑，被指为“黑资金”。

2007年1月，冼岩发表评论，认为方舟子巧妙避开何祚庥曾留下污点的控制论、共振论和基因学说等，恰到好处既抨击“伪科学”，又保护了成为他衣食父母的何院士。

为何祚庥授奖

2014年1月13日，“新语丝”网站经营者方舟子授予何祚庥由林树坤赞助的“新语丝科学精神奖”，奖金为一万瑞士法郎。