方舟子在获得生物化学博士学位后不久即转行从事科普工作，有相对较少的学术著作，大量科普著作，还有一些文史散文、诗歌等。

学术论文

方舟子有第一作者（与Burton教授合著）的生物化学方面的英文论文一篇，非第一作者生化专业论文三篇。

专利

• Cyclin T, A New HIV Target Inventors: Katherine Jones, Ping Wei, Mitchell Garber, Shi-Min Fang
• PATENT STATUS: U.S. Patent No. 6,270,956 issued August 7, 2001, U.S. Patent No. 6,284,456 issued September 4, 2001, Published PCT application WO99/29730

著作

• 《进化新解说》跨世纪科学丛书，香港天地图书有限公司，1997年，ISBN 962-950-245-3
• 《法轮功解剖──一位海外学子的立场》德先生茶馆丛书，湖南人民出版社，1999年8月，ISBN 7-5438-2065-X
• 《网路新语丝》（主编）网络文化丛书，河北人民出版社，2000年1月，ISBN 7-202-02682-1
• 《方舟在线》北京理工大学出版社，2000年6月，ISBN 7-81045-702-0
• 《进化新篇章》中国科普佳作精选，湖南教育出版社，2000年12月，ISBN 7-5355-3354-X
• 《叩问生命──基金时代的争论》天津教育出版社，2001年1月，ISBN 7-5309-3278-0
• 《溃疡──直面中国学术腐败》海南出版社，2001年6月，ISBN 7-5443-0048-X
• 《长生的幻灭──衰老之谜》看世界丛书，上海科学技术出版社，2002年11月，ISBN 7-5323-6718-5
• 《江山无限──方舟子历史随笔》春秋文丛，福建人民出版社，2004年5月，ISBN 7-211-04722-4
• 《餐桌上的基因》科学的眼睛丛书，少年儿童出版社，2005年4月，ISBN 7-5324-6503-9 （2007年8月第二版更名为《食品转基因》，ISBN 9787532472956）
• 《基因时代的恐慌与真相》广西师范大学出版社，2005年8月，ISBN 7-5633-5436-0
• 《寻找生命的逻辑──生物学观念的发展》上海交通大学出版社，2005年9月第一版，ISBN 7-313-04005-9，2007年第二版
• 《科学成就健康》赛先生科学与生活系列丛书，新华出版社，2007年1月出版，ISBN 978-7-5011-7777-6
• 《批评中医》“中医新世纪大论战”丛书，中国协和医科大学出版社，2007年3月第一版，ISBN 978-7-81072-876-8
• 《方舟子破解世界之谜》陕西师范大学出版社，2007年8月第一版，ISBN 978-7-5613-3703-5
• 《方舟子带你走近科学》陕西师范大学出版社，2007年11月第一版，ISBN 978-7-5613-3805-6
• 《爱因斯坦信上帝吗？──方舟子解读科学史著名谜团》广西科学技术出版社，2009年8月第一版，ISBN 978-7-80763-312-9
• 《大象为什么不长毛：方舟子破解科学谜题》海豚出版社，ISBN 978-7-51100-327-0
• 《我的两个世界》，百花洲文艺出版社，2012年，ISBN 978-7-55000-324-8
• 《方舟子自选集》，人民邮电出版社，2013年，ISBN 978-7-115-31253-2
• 《科舟求健──方舟子谈健康》，同心出版社，2014年，ISBN 978-7-5477-1227-6
• 审译《HOW & WHY美国经典少儿百科知识全书》，广西科学技术出版社，2014年，ISBN 978-7-80763-778-3