方舟子常常对打假的对象进行激烈的人身攻击，例如对打假的对象起“外号”：称刘维忠为“猪蹄厅长”，贺卫方为“贺不群”，罗永浩为“罗装剽”，科学松鼠会为“老鼠会”等。类似的言论被多方指责，如法律学者萧瀚称之为“语言暴力”。杂文家鄢烈山称方舟子“一点就炸”，行文用语粗暴，有“文革”红卫兵、红小兵的遗风。
针对鄢烈山的指责，方舟子回应称“犀利只是文章风格”。此外在2005年，方舟子引用鲁迅的话，认为：“如果说良家妇女是妓女，那是骂人，但如果说妓女是妓女，那就不是骂人。”
2011年2月6日20时13分，王菲在微博上转了网友“我执难破”的一条微博，并对微博中的木制佛像在大火中竟然丝毫无恙地屹立在夕阳中表示“无以言表 不可思议 顶礼遍知佛尊~”。经过网友转发，方舟子迅速发表了一条充满火药味儿的评论：“还有无数尊葬身火海的佛像你也别忘了顶礼。谁要觉得这尊佛像不可思议的，拿来点把火试试？”王菲当即不甘示弱，反问方舟子：“你想试什么？能不能点着么？”方舟子应战称：“实验检验传奇。”
7日上午9时49分，王菲再写了一条微博请方舟子“方老师 不要科学地不讲理~ 我们讨论的是木头能否被烧着的事么？事实上我们认为万物都有生灭 就算是真金佛像也有消散的那天 我们相信的是某种内在的力量 这个你不懂 我懂的~ 我们体会的是内因 你注重的是外缘~ 如果真想做这个实验 恐怕也得找个相当大的楼 点一把差不多的火 才是本着科学的严谨态度吧~”。7日15时14分，方舟子不甘示弱，引用王菲的句式写道：“你不要信仰地不讲理。”50分钟后，方舟子再度在微博中称：“谁说宗教信仰能提高人的教养的，到网上看仔细了。”
2011年2月7日19时，王菲发博回应方舟子“能跟你对话就挺不可思议的 不聊了 过年好~”，主动退让意图息事宁人，然而方舟子咄咄逼人，将骂战升级到攻击王菲粉丝，引起网友广泛谴责。
中新网、中国日报等媒体报道：
在百度“王菲大战方舟子”的贴吧中，有网友认为，“王菲怎么看都是在礼让。倒是某博士咄咄逼人，最后还硬要发篇某寺庙大火一切烧尽的微博，姿态太不自信。”网友原配瑞儿则认为：“王菲的行为是一种常人可以理解的行为，一种微妙的习俗和信仰的感情，并不是说发大火时，她就一定会找个佛像躲着。而方舟子却用科学的标准去评断这种感性的行为显然用错了标准。”
方舟子被指从不对自己的某些被人认为错误的言行道歉，其“决不认输、决不认错是科学圈内公认的特点”。在韩寒诉方舟子一案中，方舟子称“如果法院判我败诉，赔偿不能不交，不然法院会强制执行，但我不会道歉，没做错事，怎能道歉”、“我不会道歉。包括以前十几起官司判我输了的，我从来都不道歉……你必须要承认自己错了才去道歉。但目前来说，我看不出我错在哪”，此番言论遭到《法制晚报》评论的批评。
虽然受到如上指责，但对于事实清楚的失误，方舟子也曾承认错误，向当事人道歉。例如方舟子因为混淆了两个在匹兹堡大学的名叫“李勇”的教授，而两次发微博向当事人道歉。
有人认为，方舟子有时在打假中对不同的人或事物使用了不同的标准，如北京大学教授刘华杰曾说：“方舟子批评别人采用的是一套标准，自己做事采用的是另一套标准”；中国社科院学者易华认为方“反差很大，双重标准明显———看别人的毛病很清楚，自己的缺陷不觉察。” 在方舟子的妻子刘菊花的硕士论文被多人讨论研究判定为存在抄袭的事实时，方舟子作为打假斗士，却不再打假，还表示举报抄袭的理由可笑。
对此，方舟子曾回应称：“本来就是应该选择性的打假，那么多我怎么可能什么事都管？我当然指的是找那些我认为比较严重，或者我觉得有意思的、感兴趣的”。
方舟子被批评为在新语丝网站上既是老板，又是编辑，又是辩论对手。清华大学科技史教授刘兵认为，方舟子在学术打假时集“侦查、控告、审判”于一身；其对“假”的认定，并非由学术共同体以集体的方式来认定。另外，在不同观点并存的情况下，阐述自己的观点，并理解他人观点的合理性，这是学者最基本的态度，方舟子没有做到这一点。北京大学教授刘华杰等人亦指责方舟子用科学的帽子打压人。
对此，方舟子在2010年接受南方都市报采访时，称所谓“话语霸权”是没有依据的。他强调自己的话语权和普通人一样，自己只是提供一个平台，手上并没有做法官的权力，打假只是个人见解，不会使造假者受到什么惩罚。
2011年3月30日，《法治周末》用四个整版的篇幅刊登了《方舟子涉嫌抄袭总调查》，文中指出：方舟子发表于2006年12月11日《经济观察报》上的《现代药物是怎么开发出来的》一文，系抄袭自网友“颖河”的九篇系列文章《认识药物》，连原文的笔误都照抄不误。
对此，方舟子辩称“科普文章和论文的标准是不一样的”，因此“称不上抄袭”。。密歇根州立大学教授鲁特-伯恩斯坦称方舟子在1995年发表在网上的一篇文章《科学是什么》中剽窃了他的著作：《科学是什么》全文1600字，其中约有900字几乎原文引自他的《神创论是科学的理论吗》一文，但并未注明出处。该文被收录在2007年出版的《方舟子破解世界之谜》中时，亦未提到伯恩斯坦。
据此，网名“亦明”的学者葛莘于2010年10月17日向密歇根州立大学发出举报信。19日，方舟子改动了新语丝网站的网页，在原文加上了“根据美国学者Root-Bernstein的归纳”的字样。此后，密大诚信负责人吉姆斯·皮瓦尼克回信称该文章虽满足“学术不端行为”的定义，但无可信证据证明是方舟子于1995年所写。
在葛莘提供了相关证据后，大学以“方舟子的文章与他在该校学业无关”为由，拒绝进行进一步调查。对此，原作者鲁特-伯恩斯坦教授在确认方舟子抄袭他的文章的情况下，对校方的处理意见表示不满，并向校方举报方舟子抄袭他的文章。
方舟子在参加北京电视台《第七日》节目时，该节目下方的滚动字幕中介绍方舟子是“麻省理工学院生物学博士”，受到一些人的质疑，事后方舟子以称是该节目单方面的失误。
2012年初，罗永浩发表微博质疑由方舟子的律师发起，并以方舟子为主要受益人的“打假基金”和“安保基金”涉嫌诈捐和漏税的行为，并向公安局经侦科和民政局举报。
央视记者王志安因为其好友、中国农业大学副教授朱毅的论文造假被方舟子等网友质疑，而与方舟子结下私仇。2015年12月22日开始，王志安连续在新浪微博发文质疑安保资金涉嫌诈骗。
2015年8月19日，方舟子向北京市海淀区人民法院起诉王志安名誉侵权。
2019年，由于安保资金事件，以方舟子为主要受益人的安保资金管理者彭剑在国内两起官司终审均败诉。其判决书都已经可以查询到，法院判决安保资金退还310万捐款和利息。
